Từ cuối năm 1952, mâu thuẫn giữa các chỉ huy quân đội Cao Đài và các chức sắc tôn giáo Cao Đài trở nên gay gắt. Trên thực tế, các đơn vị quân đội Cao Đài dần bị quân phiệt hóa, thành phần binh sĩ là tín đồ trở thành thiểu số như trong lời phê của Hộ pháp Phạm Công Tắc: "Theo Bần Đạo đã biết thì trong Quân đội còn thiệt số tín đồ Đạo rất ít và Bần Đạo đã biết còn bao nhiêu người là ngoại Đạo, nha trảo của mấy vị Đại Sĩ Quan trong Quân đội; nên mới đang tâm hiếp Đạo, khinh rẻ Hội Thánh".[2] Tướng Nguyễn Văn Thành dần lạm quyền và không tuân phục quyền đạo của Hộ pháp Phạm Công Tắc, vì vậy, tháng 10 năm 1953, Hộ pháp Phạm Công Tắc ra đạo lệnh cách chức tướng Nguyễn Văn Thành, cử Giáo sư Trần Quang Vinh tạm quyền Tổng Tư lệnh. Ông cũng được thăng cấp Thiếu tướng kiêm thêm chức vụ Ủy viên thường trực Việt Nam Phục quốc Hội, vẫn giữ vai trò Chỉ huy trưởng Cơ Thánh Vệ nhưng đơn vị ông bị buộc phải đóng ngoài Tòa Thánh. Chức vụ Tham mưu trưởng quân đội Cao Đài được giao lại cho Đại tá Trương Lương Thiện.

Theo hồi ký của Phối sư Trần Quang Vinh, ngày 1 tháng 11 năm 1953, theo lệnh của Hộ pháp Phạm Công Tắc, 39 chức sắc cao cấp của Tòa Thánh Tây Ninh họp bàn về việc đề cử tân Tổng Tư lệnh Quân đội Cao Đài giữa 2 ứng viên là Thiếu tướng Nguyễn Thành Phương và Đại tá Lê Văn Tất. Kết quả thiên về Đại tá Lê Văn Tất[3] đã kích động ông cùng Đại tá Trình Minh Thế thực hiện âm mưu bắt cóc Trung tướng Trần Quang Vinh đem giam ở núi Bà Đen, gây áp lực buộc Hộ pháp Phạm Công Tắc thăng cấp Trung tướng và bổ nhiệm ông làm Tổng Tư lệnh Quân đội Cao Đài. Hành động này càng khoét sâu thêm mâu thuẫn giữa các chức sắc và chỉ huy quân sự. Tuy nhiên, tướng Trần Quang Vinh vẫn tiếp tục bị giam giữ cho đến tận ngày 18 tháng 4 năm 1954 mới được thả. Sau đó, Giáo sư Trần Quang Vinh tìm cách trốn vào thành phố Sài Gòn rồi tìm cách sang Pháp để tránh hiểm nguy.